الشَّيْخ مُحَمَّد من أَصْل قُبْرصي تُرْكِيّ. وَالدُهُ وَمُرْشِدُهُ الشَّيْخ مُحَمَّد نَاظِم عَادِل الْحَقَّانِيّ مِنْ نَسَب شيخ الطَّرِيقَة الْقَادِرِيَّة عَبْدُ الْقَادِر الْجيلَانِيّ، بَيْنَمَا جَدَّته الْكُبْرَى مِنْ نَسَب شيخ الطَّرِيقَة الْمَوْلَوِيَّة مَوْلَانَا جَلَالُ الدِّينِ الرُّومِيّ. بِحَسَبِ النسب فِي سِجِلَّاتِ نَقِابة الْأَشْرَاف، يَعُود نَسَبِه إلَى أَهْلِ بَيْت سَيِّدِنَا مُحَمَّدٍ ﷺ مِنْ جِهَةِ أَبِيهِ. وَالِدَته، الْحَاجَّة أَمِينة عَادِل سُلْطَان، ابنة عَائِلَة تتاريه. هَاجَرَتْ إِلَى الشَّام عَبرَ الْأَنَاضُول التابعة للدَّوْلَة الْعُثْمَانِيَّةِ بِسَبَب بدْء سِيَاسَات الدُّوَل الشُّيُوعِيَّة الْمُعَادِيَة لِلدّين آنذاك. أصلها من قرية باكايفو، الواقعة بالقرب من جمهورية تتارستان، الاتحاد الروسي.

قَضَى الشَّيْخ مُحَمَّد شَبَابُهُ فِي الشام، عَلَى يَدِ كُلِّ من سُلْطَان الْأَوْلِيَاء مَوْلَانَا الشَّيْخ عَبْدُ اللَّهِ الْفَائِز الدَّاغِسْتَانِيّ وَالشَّيْخ نَاظِم الْحَقَّانِيّ، مَتربِّيًا عَلَى الطَّرِيقَةِ النَّقْشَبَنْدِيَّة. تَلَقّى تَعْلِيمَه الْإِسْلَامِيّ فِي الشَّرِيعَة الْإِسْلَامِيَّةِ بِمَعْهَد الْفَتِح الْإِسْلَامِيّ الْمَرْمُوق في دِمَشْق.